感谢悟空问答官方邀请！原因是多方面的，主要原因是封建伦序使得万历帝不敢逾越；次要原因是万历帝在册立太子的关键时侯，与福王的生母郑贵妃发生了矛盾；其三是万历帝生母李太后反对册立福王。所以，万历帝册立太子一事，多少带有赌气的成分在内。

皇长子朱常洛（即后来的明光宗），是万历帝生母李太后的宫女王氏所生。一次，万历帝到慈宁宫，在“索水盥手”的时侯看中了王氏，于是“私幸之”，使之怀孕。万历帝起初并不承认，直到李太后拿出内起居注当面对质，万历帝才无法抵赖。虽然王氏为万历帝生下了第一个皇子，但他仍然对王氏非常疏远，不仅没有因此晋封王氏的位号，而且对这个皇长子也不甚喜爱。

皇次子早殇，在此不再赘述。

皇三子朱常洵，生母是万历帝独宠一身的郑贵妃。他比皇长子朱常洛小四岁。朱常洵刚出生，郑贵妃就向万历帝“乞怜”，请求立朱常洵为太子。爱屋及乌，万历帝对这个皇子非常喜爱，也生了废长立幼的想法。据说，万历帝曾向郑贵妃写下册立朱常洵为皇太子的“密誓”，并由郑贵妃保存，作为万历帝兑现承诺的凭证。皇帝这种感情用事的作法，既不符合封建王朝的长子继承制，而且使得满朝大臣为之惊愕。连一向“务承上指”的内阁首辅申时行也不能接受，要求万历帝早立皇长子为太子。而万历帝的答复是：“元子婴弱，少俟二三年举行。”显然，万历帝想用拖延战术消弥朝内的反对声。但是，满朝文武并不买账，户部主事姜应麟给万历帝上了一道言辞激烈的奏疏，要求“册立无嗣（长子朱常洛）为东宫，以定天下之本”。这个奏疏不仅正面提及册立皇长子为太子的请求，而且还对万历帝打算晋封郑贵妃为皇贵妃的想法进行了指责。万历帝阅后大怒，虽然不顾反对，仍然晋封郑贵妃为皇贵妃，但是，也不得不降旨道：“立储自有长幼。”由此可见，万历帝虽然心向朱常洵，但仍然不得不顾忌封建社会的长幼伦序这个传统规范。

万历帝生母李太后闻讯后，训斥万历帝道：“母以子贵，宁分差等？”万历帝听后惶恐伏地，无以自容 。即使如此，万历帝仍然不愿册立朱常洵为太子。大臣们看到皇帝迟疑不决，担心生变，就接边上疏。先是礼部给事中王三余，接着是大学士申时行。工部主事张有德见皇帝还没有动静，也上疏力谏，被万历帝罚“俸三月”。申时行任首辅后，也上疏劝谏，惹得万历帝大怒。官员罗大纮、黄正宾因触怒皇帝，被削职为民。礼科给事中李献可同六科诸臣上疏力谏，除李献可被职级外，其他官员一并被罚俸半年。科臣孟养浩上疏为李献可说情，被杖责一百。继任为首辅的王家屏，看到皇帝如此专断，不但将皇帝下发的圣旨封存，而且上疏力谏。万历帝听不进去，王家屏只好“引疾求罢”，在任仅半年时间。万历帝为了朱常洵连接处罚如此多的官员，由此可见他对朱常洵是多么的偏爱。

继任为首辅的王锡爵一贯奉迎皇帝，但关于立储一事上，他也不敢掉以轻心。万历二十一年（公元1593年）八月，彗星进入紫微垣，这在当时被视为非常不吉利的星变。王锡爵趁机密奏道：“天以皇上为子，皇以太子为子，天子这象帝星，太子之象前星，方今禳彗第一义，莫如册立。”万历帝很受触动。王锡爵又劝谏道：“外廷以固宠阴谋，归之皇贵妃，恐郑氏举族不得安，惟陛下深省。”万历帝听后，“心益动”。确实如此，朝中大臣见皇帝宠幸郑贵妃，都想借郑贵妃固位邀宠，这对朝局是非常不利的。

万历二十九年，在大学士沈一贯等廷臣的再次劝谏下，万历帝终于决定册立长子朱常洛为皇太子，同时，三子朱常洵、五子朱常浩、六子朱常润、七子朱常瀛分别被封为福王、瑞王、惠王和桂王。

除了前面介绍的诸多原因，还有一个不可忽视的因素是万历帝与郑贵妃产生了矛盾。情况是这样的，万历二十九年，万历帝病重，常常进入昏迷状态，每次醒来，都是皇长子朱常洛的生母王氏陪在身边，细心照顾。而郑贵妃则趁皇帝昏迷之机，阴谋策划不轨之事。万历帝大失所望，遂决定册立朱常洛为皇太子。

其他网友观点

其实这正说明了万历皇帝并没有立老三福王朱常洵当太子的想法，而郑贵妃所谓的宠也不过是被大臣们炒出来的，万历皇帝没有宠妾灭妻，也没有废长立幼，郑贵妃也不是祸国妖妃，这夫妾俩都挺悲催的。所谓宠妾灭妻、废长立幼，只不过是明朝大臣企图操控皇帝的借口，先给皇帝扣上不尊祖训的大帽子，你不听大臣的劝谏，就是上对不起祖宗，下对不起黎民，总之你哪哪都不对。

万历帝真的宠妾灭妻吗？正好相反，他的妻子皇后王喜姐和他感情甚笃，夫妻俩同食共寝出入相伴游宴必从，万历帝自己夸妻子说：“中宫乃圣母选择，朕之元配。见今侍朕，同居一宫，就少有过失，岂不体悉优容？

内阁首辅沈一贯也说：中宫为皇上元配，选自圣母，体统甚隆既二十四年矣。朝夕同宫，恩好甚笃。

内阁首辅方从哲：中宫皇后，躬膺令德，俨体至尊，勤俭孝慈，徽音夙著。薄海臣民，仰母仪而颂女中尧舜者，非一日矣。

太子朱常洛：孝端皇后幽闲贞静诚一端庄，慈同樛木，迨深居静摄，禁不闻声乃密讽婉规事多得请，暨前星之启耀初九潜龙廑覆露以垂恩。先帝情锺伉俪，轸琴瑟之中睽肆吾皇，爱切瞻依奉杯棬而永慕。

反观被炒作的宠妃人设郑贵妃，在皇帝面前战战兢兢，人家王喜姐是当家太太，她就是贴身服侍男主子的大丫头，儿女在实际待遇上也不一般。

万历帝后宫济济，待遇比较好的就有周端妃、李敬妃，特别是周端妃，家族待遇甚至超过所谓的“宠妃”郑家。

王皇后的闺女荣昌和驸马杨春元吵架，万历帝听说后不由分说下旨痛骂驸马，驸马硬气的离家出走跑回老家，万历帝更是怒甚，直接把亲家的官职罢免，并派锦衣卫把驸马带回京城弄到国子监学习礼仪，直到驸马认错后，父子俩才官复原职。

再看被明史吹成“主为神宗所爱，恩泽异他主”的郑贵妃爱女寿宁公主，因为宣召驸马没有和管家婆打招呼，管家婆居然把驸马赶走，公主要阻拦还被责骂，公主驸马去进宫告状，被管家婆和太监们狂揍痛殴，大臣们都看不过去。

驸马气得回家写奏章告状，还没写好，岳父万历帝的严旨就到了，又把挨打的他臭骂一顿，送国子监反省三个月，打驸马骂公主的管家婆和太监们却没有丝毫问责，寿宁公主这个被吹成待遇超过嫡女荣昌的“爱女”也只能归家忍气吞声。

如果寿宁的妈妈郑贵妃是真的宠妃级别，她这个宠妃爱女还能混成这个待遇？从此足见她妈妈的宠有多大水分，管家婆和太监们根本不考虑向“郑宠妃”巴结的问题。

明朝大臣都有些走火入魔了，即便万历帝和皇后同住同食，坊间还有流言说他宠爱贵妃冷落皇后，说皇后病重，皇帝想害死皇后立郑贵妃为皇后等等，把年轻的万历帝气得大骂：中宫何尝有疾？这畜物狂肆妄言，惑乱观听！

所以说，从史书记载看，郑贵妃是有宠过，但绝对没有达到能让丈夫宠妾灭妻的地步，更没有资格不敬皇后，欺凌妃子。

因此，在坊间谣言说皇帝想立他儿子为太子时，她吓得再三磕头，请求皇帝立大皇子朱常洛为太子，就连他娘家大伯和哥哥也上书请求立大皇子。把万历帝气得暴走，严厉惩处郑氏伯侄，还狂怼宰臣王锡爵：我啥时候说过要立老三？你们就造谣生事，离间我们父子感情？我明明是在等着皇后生嫡子！

再次，通过明朝的例子很明显就可以对比出结论，明宣宗胡皇后、景帝汪皇后都是和王喜姐一样是无子皇后，宣宗宠爱孙贵妃，直接废后册立心爱的小孙为皇后，景帝谈不上爱杭贵妃，但为了儿子也废了汪皇后。

宣宗和景帝，一个是爱母及子，一个是爱子及母，都是爱她就给他最好的，如果万历帝真的像宣宗宠爱孙贵妃那样，怎么没有废掉“无宠”的王喜姐给三皇子生母腾位置呢？坊间不是一直吵吵中宫无子，长子无宠吗？

所以说，万历帝根本没有考虑立福王为太子的意思，怎么可能会去强制呢？

只不过是因为暴脾气的王皇后一直没有儿子，才只能按照祖制立长子。王皇后病死后，万历帝悲伤的说：朕思中宫皇后侍奉勤敏，与朕同食息起居，不意因虚劳年久，服药不效，遽尔崩逝，朕心伤悼深切。

就是这样。

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其他网友观点

万历真想立福王，并非不能完成。

万历不喜欢王恭妃，也不喜欢一个比较平庸的长子朱常洛。这是肯定的。

万历9年的1581年，18岁的万历在母亲李后的慈宁宫遭遇宫女王氏，私幸得孕。万历最初还不想认，结果母亲思孙心切，又拿出万历当时赏的信物作为证据，小年轻的万历才承认并在次年封王氏为恭妃，当年后面生下长子朱常洛。相对于私幸的紧张与仓促，万历显然不喜欢王恭妃，但无法抹杀朱常洛的庶长子。

此后，1584年晋郑氏为贵妃，1586年生皇三子朱常洵，再晋升郑氏为皇贵妃，郑贵妃则乘机要求自己当皇后，儿子做太子。两人书写承诺，在道观立誓。但朝中大臣坚决反对。官员为此坚持15年，谓国本之争，前后四位首辅退位，300多名官员遭贬，100多官员被免职、充军。到1601年10月，万历才终册长子为太子。

这么长时间，万历真做不到吗？

显然不是。

万历明白嫡长继承制的重要，他与大臣拉锯主要还是为了争口气。

他的嫡妻，皇后王喜姐（万历同年病死）无子，虽然表面恭顺，但私下性格暴虐，杖杀的太监宫女以百计。

所以，万历唯一能为郑贵妃和福王做的就是废除王氏，册郑贵妃为皇后，则福王的太子身份完全不是问题。可惜郑贵妃根本不值得万历去努力迂回，所谓万历偏爱福王，也就笑一笑吧。